Родился 15 марта 1739 года в селе Горожанский стан Великолуцкого уезда Псковской губернии.

В 1746 г. по окончании Морской академии выпущен в Балтийский флот гардемарином и на протяжении нескольких лет плавал из Кронштадта в Архангельск и обратно.

Во время Семилетней войны в чине лейтенанта участвовал в Кольбергской экспедиции.

В 1770 г. при снаряжении Первой Архипелагской экспедиции адмирала Г. А. Спиридова в чине капитана 1-го ранга был назначен командиром 66-пушечного корабля «Северный Орёл»; историк этого похода, В. Ф. Головачёв, аттестует Клокачёва как «самого образованного и порядочного человека из тогдашних наших флотских офицеров». После тяжёлого перехода Немецким морем «Северный Орёл» так потёк, что его решили переделать в госпитальное судно, а Клокачёв был переведён на 66-пушечный корабль «Европа».

24 июня 1770 г., во время атаки на турецкий флот в Хиосском проливе, Клокачёву досталась честь командовать головным кораблём; Головачев пишет про него: «Парусами он управлял как на маневрах — под градом неприятельских ядер „Европа“ 3 раза поворачивала оверштаг и вступала в свое место».

В ночь на 26 июня при Чесме «Европа» по недоразумению снялась с якоря гораздо раньше остальных судов, и в течение с лишком получаса Клокачёв один сражался со всем турецким флотом, причём ему удалось выстрелами поджечь один из неприятельских кораблей; происшедшей при этом паникой сумели воспользоваться российские брандеры, довершившие уничтожение турецкого флота. За это сражение Клокачёв 9 июля 1771 года первым среди русских моряков был пожалован орденом св. Георгия 4-й степени (№ 107 по кавалерскому списку Судравского и № 128 по списку Григоровича—Степанова).

После этого Клокачёв участвовал в нападении на крепости Пелари и Митилена.
26 ноября 1775 года Клокачёв был пожалован орденом св. Георгия 3-й степени.

По возвращении на Балтику Клокачёв командовал кораблями «Св. Андрей Первозванный» и «Святой Великомученик Исидор», а также отдельными флотскими отрядами, среди которых была и Практическая эскадра Балтийского флота.

В 1776 г. был произведён сначала в капитаны генерал-майорского ранга и вслед за тем в контр-адмиралы и назначен командующим Азовской флотилией и портами, сменив на этом посту А. Н. Сенявина. При Клокачёве были на Дону заложены две крупные верфи — Новохоперская и Гнилотоновская, на которых было начато строительство 44-пушечных фрегатов. Осенью 1779 года четыре новых фрегата и два бота были перебазированы из Таганрога в Днепровский лиман в качестве отдельного отряда Азовской флотилии.

В 1780 г. по болезни уволен на два года в отпуск, а в мае 1782 г. назначен к присутствию в Адмиралтейств-коллегии и 28 июня 1782 года произведён в вице-адмиралы.

11 января 1783 года вновь командующим Азовской флотилией и с лета того же года начал перевод главной базы флотилии из Керчи в Ахтиарскую бухту, где незадолго до того контр-адмиралом Мекензи было положено начало новому городу — Севастополю. Таким образом Клокачёв стал первым командиром Черноморского флота Российской империи. В конце того же года Клокачёв представил в Адмиралтейств-коллегию первую карту Ахтиарской бухты.

Умер в Херсоне 27 октября 1783 г. во время эпидемии чумы.