ФНС России в ответ на запрос разъяснила, что в случае неуплаты или неполной уплаты сумм налога при представлении налогоплательщиком в налоговый орган нескольких уточненных налоговых деклараций за проверяемый период, расчет суммы штрафа необходимо производить на основании последней уточненной налоговой декларации, без учета предыдущих (письмо ФНС России от 14 ноября 2016 г. № ЕД-4-5/21472@ "О порядке применения статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации").

Как отметили налоговики, в случае, если до окончания камеральной налоговой проверки налогоплательщиком представлена уточненная налоговая декларация в порядке, предусмотренном ст. 81 НК РФ, то камеральная налоговая проверка ранее поданной декларации прекращается и начинается новая камеральная налоговая проверка на основе уточненной налоговой декларации (п. 9.1 ст. 88 НК РФ). При этом, бездействие налогоплательщика, выразившееся исключительно в неперечислении в бюджет указанной в налоговой декларации или налоговом уведомлении суммы налога, не образует состава правонарушения, установленного ст. 122 НК РФ. В этом случае с него подлежат взысканию пени (п.19 Постановления Пленума ВАС РФ от 30 июля 2013 г. № 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации"). При представлении новой налоговой декларации с суммой налога к доплате, исчисленная, но не уплаченная ранее сумма налога, указанная в предыдущей декларации, не влияет на базу для расчета налоговой санкции, предусмотренной п. 1 ст. 122 НК РФ (п. 20 Постановления Пленума от 30 июля 2013 г. № 57). При таких обстоятельствах вопрос о привлечении к налоговой ответственности по ст. 122 НК РФ рассматривается только в отношении неисчисленной ранее суммы налога по налоговой декларации, которая указывается в последней уточненной налоговой декларации (письмо ФНС России от 22 августа 2014 г. № СА-4-7/16692).Напомним, что неуплата или неполная уплата налога (сбора) в результате занижения налоговой базы либо иного неправильного исчисления налога или других неправомерных действий (бездействия) в большинстве случаев влечет взыскание штрафа в размере 20% от неуплаченной суммы налога (п. 1 ст. 122 НК РФ).

При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибок, приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, он обязан внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию (ст. 81 НК РФ). Если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности в следующих случаях:

при представлении уточненной налоговой декларации до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении налоговым органом неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, либо о назначении выездной налоговой проверки по данному налогу за данный период, при условии, что до представления уточненной налоговой декларации он уплатил недостающую сумму налога и соответствующие ей пени;
при представлении уточненной налоговой декларации после проведения выездной налоговой проверки за соответствующий налоговый период, по результатам которой не были обнаружены неотражение или неполнота отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибки, приводящие к занижению подлежащей уплате суммы налога. Гарант.ру