Присоединение и освоение Сибири были начаты с 1581 г. при Московском царе Иоанне Грозном, который под влиянием просветительных идей свт. Макария, митрополита Московского, преследовал цель покорить восточные пределы не столько силой оружия, сколько благодатной силой христианского просвещения.

Православные русские миссионеры продвигались на вновь осваиваемые Российским государством территории в Сибири вместе с продвижением на них русского военного и гражданского населения. Строились остроги-крепости и в них — часовни, а затем церкви. Образовывались деревни и на несколько деревень строилась церковь.

Территория современной Хакасии осваивалась вместе с освоением Сибири Российским государством в продолжение всего XVII в. вплоть до 1707 г., когда император Петр I распорядился основать первый на Хакасско-Минусинской территории казачий Абаканский караульный острог в непосредственной близости с Хакасией на противоположном берегу р. Енисей (напротив с. Абакано-Перевоз Боградского района). В это время были определены внешние границы вошедшей в состав Российского государства Хакасии. Тува была принята в состав России в 1914 г.

Распространение Православия на Хакасской земле связано, прежде всего, с миссионерской деятельностью Тобольской епархии, а также позже и других епархий, в составе которых находилась Хакасия.

Первое крещение местного населения было совершено в 1707 г. митрополитом Тобольским и Сибирским Филофеем (на кафедре пребывал в 1701-1711 гг.; 1715-1721 гг.) в верховьях реки Июс во время совершения поездки по епархии.

Первый приход, в который входили две хакасские деревни, заселенные переселенцами из Российских губерний (Абакано-Перевоз, Бородино), был открыт в 1709 г. в Абаканском караульном остроге на противоположном берегу Енисея. К имевшейся деревянной часовне был пристроен алтарь, и по благословению митрополита Тобольского и Сибирского Феодора, в этом же году была освящена церковь в честь св. Архистратига Божия Михаила.

В 1770 г. в с. Аскиз, состоявшем тогда из нескольких юрт, тщанием и усилиями местного сагайского «князца» и местного населения был образован первый на территории Хакасии инородческий приход, а в 1771 г. освящен храм в честь св. апостолов Петра и Павла. К 1826 г. из 4835 человек, проживавших на территории Петро-Павловского прихода 3613 человек приняло таинство Крещения.

В 1859 г. был заложен, а в 1863 г. освящен Никольский храм в улусе Усть-Абаканском (ныне столица Хакасии — г. Абакан), который во время безбожных гонений оставался единственным действующим храмом в Хакасии.

В 1911 г. был освящен первый на территории современной Тувы деревянный храм в честь святителя Иннокентия Иркутского в п. Туран.

В 1914 г. с образованием поселения был построен деревянный храм на берегу Енисея в с. Белоцарском (ныне Кызыл) в честь Архангела Гавриила.

За период XIX в. на территории нынешней Абаканско-Кызылской епархии было открыто более десятка приходов, а также многочисленные молитвенные дома. Каждый приход охватывал своей деятельностью несколько селений, и, таким образом, численность верующих, относящихся к приходу, составляла от более чем одной до нескольких тысяч человек.

К концу XIX в. официально было признано, что все население Хакасии обращено в православную веру.

Крещение и христианское просвещение большей части местного населения Хакасии – это результат многолетних и самоотверженных миссионерских трудов священников на местах. До 1873 г. обращением язычников в православную веру занималась также особая миссия, состоявшая из двух священников и псаломщиков, которая была позже упразднена.

В 1880-х годах, главным образом трудами Преосвященного епископа Енисейского и Красноярского Тихона (1886-1892), были установлены связи с Алтайской духовной миссией (основана в 1828 г.).

Алтайская духовная миссия посылала для хакасских приходов Минусинского и Усинско-Уренхайского краев благочестивых православных учителей из алтайцев. В свою очередь, и с различных приходов Хакасии представители коренного населения направлялись для обучения в Бийское катехизаторское училище.

С деятельностью Алтайской Духовной миссии связано создание одного из инородческих приходов — Матурского — самого дальнего стана миссии, а также создание первого и единственного на территории Хакасии Матурского женского монастыря в честь Иверской иконы Божией Матери в 1911 г. неподалеку от с. Матуры в с. Усть-Анжуль (ныне с. Анжуль Таштыпского района), насчитывавшего в то время 18 монахинь.

Большое значение для просвещения светом Христовой истины хакасов оказала издательская деятельность Алтайской миссии. Издаваемая миссией духовная литература на алтайском языке, родственном хакасскому, распространялась через Минусинское благочиние по приходам Хакасии.

Рукоположение местных священников из числа хакасов также имело весьма важное миссионерское значение для утверждения православной веры среди прихожан Хакасии. Трудами местных священников были переведены «Символ веры» и некоторые другие молитвы на сагайский диалект, первый, созданный владыкой Макарием (Невским), алтайский букварь на шорский и сагайский диалекты, появились первые печатные издания духовной литературы на хакасском языке.

Отрадное и неизгладимое впечатление оставляли среди коренного населения богослужения местных священников на родном языке.

К концу XIX в. все приходы Хакасии имели одну или несколько школ. В Туве, в Туране и Уюке, также были построены и открыты министерские одноклассные училища (в 1908 и в 1910 гг. соответственно).

С наступлением 1917 г. Церковь вступила в тяжкую годину лютых гонений и глубоких скорбей. В непростое время обновленческого раскола епархия оказалась без правящего архиерея.

Несмотря на повсеместное увлечение обновленчеством, отдельные пастыри Хакасии и Тувы остались верными до конца Матери Церкви, возвышая свой голос в защиту истинной православной веры.

Среди них можно отметить причисленного к лику святых новомучеников и исповедников Российских святителя Амфилохия (Скворцова), который, будучи назначенным настоятелем кладбищенской церкви в Минусинске в 1924 г., открыто выступил против обновленцев, обличая их в отступлении от Православия, за что претерпел арест со стороны ОГПУ.

Рукоположенный в феврале 1925 г. в Москве во епископа Енисейского и Красноярского святитель Амфилохий по своем прибытии в Красноярск в апреле того же года снова выступил против обновленцев, за что был в июле арестован и заключен в тюрьму в Красноярске, а затем приговорен к 3 годам заключения в Соловецком концлагере.

В 1923 г. была открыта отдельная от Енисейско-Красноярской Минусинская и Усинская епархия, в которую вошли приходы Хакасии и Тувы. Епископом на новую кафедру был рукоположен архимандрит Димитрий (Вологодский), служивший в Минусинском уезде до своей архиерейской хиротонии 6/19 мая 1923 г. в Москве.

19 ноября 1923 г. в Сретенской кладбищенской церкви г. Минусинска была совершена первая архиерейская Литургия, за которой первые священники епархии принесли покаяние в обновленческом расколе. Затем трудами Владыки Димитрия многие клирики и приходы новообразованной епархии обратились от обновленчества. До открытия Минусинской кафедры из 125 приходов Минусинского уезда и Усинского края 115 перешло в обновленчество. С назначением на кафедру Владыки Димитрия 95 приходов вернулось в Православие.

В период с 1920-х по начало 1930-х гг. наблюдается повсеместное закрытие церквей на территории Хакасии и Тувы. Церкви закрывались советскими властями под различными предлогами, а зачастую и без каких-либо объяснений. Это поначалу и расторжение заключенных на пользование церковными зданиями договоров с приходами под предлогами обветшания зданий, это и прямое обвинение в контрреволюционной деятельности духовенства и членов прихода.

Массовым репрессиям и расстрелам подверглось и духовенство и верующие в Хакасии и Туве.

В 1924 г. на владыку Димитрия (Вологодского), управлявшего Минусинской епархией до этого времени, было заведено уголовное дело по 77, 90 и 219 статьям Уголовного кодекса. Ему был запрещен выезд за пределы Минусинска и запрещено совершение богослужений.

Одним из первых прекратил свое существование в 1926 г. Матурский женский монастырь. Святитель Амфилохий (Скворцов), живя с 1928 г. в монашеской общине в тайге, в апреле 1931 г. по необоснованному обвинению в проведении антисоветской агитации был арестован и заключен в тюрьму при Минусинской исправительно-трудовой колонии, вместе с ним были арестованы священник и почти все насельницы монашеской общины. В ноябре 1931 г. епископ Амфилохий был приговорен к пяти годам заключения в концлагере, а монахини – к пяти годам ссылки в Восточную Сибирь. В сентябре 1937 г. по окончании срока заключения тройка НКВД приговорила святителя к расстрелу. Приговор был приведен в октябре того же года.

В 1933 г. епископ Димитрий вместе с членами епархиального совета по необоснованному обвинению органами ОГПУ был арестован и осужден на пять лет, с заменой ввиду преклонного возраста ссылкой в Нарымский край на тот же срок. Освобожденный от наказания ввиду тяжелой болезни, в июне 1934 г. владыка вернулся в Минусинск. В июле 1935 г. он был восстановлен правящим архиереем Минусинской епархии. Но, имея законную духовную власть, он не мог открыто совершать богослужения ввиду гонений и был вынужден тайно священнодействовать в домах верующих. В 1937 г. епископ Димитрий вновь был арестован органами НКВД и 23 октября этого же года мученически скончался в заключении в Минусинске.

Массовым репрессиям, расстрелу подверглись также и многие другие священнослужители епархии.

Священникам и прихожанам Никольского храма в г. Абакане было предъявлено нелепое обвинение в участии в офицерско-белогвардейской повстанческой боевой дружине и в 1937 г. настоятель протоиерей Алексий Скорпилин , второй священник Василий Олейников и члены прихода — все в количестве шести человек были расстреляны без предъявления каких-либо доказательств. По этому делу было арестовано около 40 человек.

Настоятель Иннокентьевской церкви в Туране священник Владимир Юневич в 1937 г. постановлением тройки УНКВД Красноярского края о исключительной мере наказания был расстрелян в г. Минусинске.

Примером исповедничества является жизнь причисленного к лику святых священномученика Евфимия Горячева, который последние годы своей жизни настоятельствовал в с. Бея. Отец Евфимий Горячев ревностно выступал в защиту чистоты Православия, против обновленчества, не имея возможности служить в храме, был вынужден тайно от властей совершать Божественную Литургию в устроенных на домах прихожан храмах, за что подвергся ссылке, гонениям и в сентябре 1937 г. был расстрелян.

Таким образом, на территории Хакасии к 1934 г. все храмы были закрыты и церковная жизнь, казалось, была полностью разрушена.

Лишь в конце Великой Отечественной войны, когда отношение властей к Церкви несколько изменилось, в декабре 1944 г. верующим Абакана по их ходатайству возвращается, после своего десятилетнего запустения, Никольский храм. На Рождество Христово в храме совершается первая служба.

Печальная участь постигла большинство храмов Хакасии: многие из них были снесены, разобраны, переоборудованы для использования под хозяйственные, медицинские, развлекательные и иные нужды. Такая же участь не обошла и женский монастырь.

В годы правления советской власти действовали Никольский храм в г. Абакане, а также Благовещенский храм в г. Абазе. В 1951 г. был построен и открыт новый храм на новом месте в г. Кызыле.

В наступившие годы перестройки, с падением устоев социалистического строя, когда Церковь получает определенную свободу, началось образование новых приходов и в Хакасии.

В 1990 г. была возрождена Красноярско-Енисейская епархия, в состав которой входили приходы Республики Хакасия. Управлял епархией епископ Красноярский и Енисейский Антоний (Черемисов).

В 1995 г. определением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода была образована Абаканско-Кызыльская епархия, Управляющим епархией был назначен епископ (с 2000 г. — архиепископ) Викентий (Морарь).

В 1999 г. Преосвященный епископ Викентий был назначен на Екатеринбургскую кафедру. Временное управление епархией было поручено архиепископу Красноярскому и Енисейскому Антонию.

29 декабря 1999 г. постановлением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода епископом Абаканским и Кызылским назначен епископ Южно-Сахалинский и Курильский Ионафан (Цветков).