Православие на современной территории Еврейской автономной области насаждалось апостольскими трудами свт. Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского. Его миссионерское рвение простиралось и на народы, жившие по Амуру (гольды) и даже за границей с Китаем.

10 апреля 1853 г. он назначил миссионером на Амур своего сына — священника Гавриила Вениаминова. Целью назначения было обустроить православную миссию на Амуре и тем самым содействовать скорейшему закреплению левобережья Амура за Россией. Приамурские миссионеры содействовали открытию в стойбищах коренных жителей не только церквей, но и школ сельскохозяйственно-ремесленного типа и церковно-приходских, обучение в которых велось на родном языке.

Близко принимавший к сердцу интересы Родины, свт. Иннокентий проявил большую заботу о благоприятном для России разрешении Амурского вопроса. С этой целью он сам предпринял путешествие по Амуру и составил подробную записку «Нечто об Амуре», в которой на основании личных наблюдений и опросов обосновал возможность навигации по Амуру и заселения его берегов. Свт. Иннокентий был вдохновителем и ближайшим сподвижником генерал-губернатора Восточной Сибири Н.Н. Муравьева-Амурского. Содействие святителя присоединению Амура к России было оценено очень высоко: в память начала его священнослужения в Благовещенской церкви Иркутска был назван город Благовещенск. В 1857 г. Благовещенск стал кафедральным городом, где пребывал святитель. Отсюда он совершал частые путешествия по Амуру, помогая обустраивать церковную жизнь.

Для переселившихся на Амур казаков Православие было фундаментом всей их жизни. Были и свои казачьи традиции, свои почитаемые чудотворные иконы. Казаки Амурского казачьего войска особенно почитали Албазинскую икону Божией Матери как свою защитницу и покровительницу. Обживая амурские земли, казаки строили часовни, а в окружных станицах — и церкви. Возводились станичные храмы самими казаками.

В 1890 г. император Александр III принял решение основать Сибирскую железную дорогу, что способствовало возведению новых храмов на железнодорожных станциях и в возникших на Транссибирской железнодорожной магистрали поселках.

По мере освоения края и роста населения на дальневосточных окраинах России возникла острая необходимость в открытии новых приходов. Вопросами церковного строительства на Дальнем Востоке занимались Святейший Правительствующий Синод, епархиальный и церковно-строительный комитеты Благовещенско-Приамурской епархии. Указом императора и Святейшего Синода ежегодно выделялись средства на церковно-школьное строительство во вновь создававшихся населенных пунктах.

Государственное финансирование было недостаточным, что служило препятствием в деле православной миссии. Однако, несмотря на скудость отпускаемых на постройку храмов и церковных школ средств, это направление деятельности Церкви было одним из главных. Особым совещанием при Святейшем Синоде был выработан специальный план церковно-школьного строительства в уже существующих и вновь открываемых приходах, средства на которое выделялись Синодом и Переселенческим управлением. Церкви строились также на деньги, выделяемые по императорскому указу из фонда имени Александра III, и на частные пожертвования граждан.

Постройка церквей осуществлялась по прошению сельских сходов на имя епархиального архиерея. По решению этих же сходов из числа жителей назначались лица, ответственные за сбор пожертвований и строительство храмов. Переселенческое управление и епархиальный Комитет по удовлетворению духовных нужд переселенцев активно содействовали строительству церквей и старались укомплектовать их священнослужителями, приглашая последних из центральной России. Активное строительство позволило усилить влияние Православной Церкви на растущее население Дальнего Востока. Это стало задачей государственной важности, так как Православие явилось культурообразующей религией, послужило главным условием становления и формирования единства населения Дальнего Востока, сыграло большую роль в духовном сплочении народа.

Современная территория ЕАО входила в состав Благовещенско-Приамурской епархии. К началу 1920-х гг. известно о существовании 24 православных храмов и походных церквей и 22 часовен на современной территории области. Из архивных материалов известно о существовании храмов и часовен в следующих местах:

• церковь вмц. Екатерины (1861 г.) и часовня с. Екатерино-Никольское
• церковь Архангела Михаила (1865 г.) и часовня с. Михаило-Семеновское (ныне с. Ленинское)
• Свято-Троицкая церковь и часовня с. Радде (1860—1861 гг.)
• церковь прор. Илии и часовня с. Пузино
• церковь свт. Николая Чудотворца с. Венцелево
• церковь св. блгв. кн. Александра Невского с. Благословенное (миссионерская для корейцев)
• церковь Казанской иконы Божией Матери с. Головино
• церковь свт. Алексия, митрополита Московского, с. Надеждино
• церковь и часовня с. Союзное
• церковь и часовня с. Столбовое
• церковь и часовня с. Самара
• церковь и часовня с. Сторожевое
• церковь и часовня с. Башурово
• церковь и часовня с. Биджан
• церковь и часовня с. Кукелево
• железнодорожная церковь разъездного причта станции Дежневка
• железнодорожная церковь разъездного причта станции Бира
• железнодорожная Покровская церковь пос. Ин
• церковь Ульдуринского разъездного переселенческого причта
• железнодорожная разъездная церковь станции Облучье
• церковь с. Волочаевка-1
• церковь с. Восторгово
• церковь с. Нагибово
• церковь с. Дежнево Михайло-Семеновского округа
• часовня прор. Илии с. Воскресеновка
• часовня пос. Приамурский
• часовня с. Квашнино
• часовня с. Бабстово
• часовня с. Лазарево
• часовня с. Новое
• часовня с. Степановка
• часовня с. Забеловское
• часовня с. Помпеевское
• часовня с. Петровское
• часовня хутора Сагибовский

Помимо этого в ряде небольших станиц, на хуторах, почтовых станциях имелись молитвенные дома, богослужения в которых совершали разъездные священники.

В 1922 г. при наступлении частей Красной армии все духовенство вместе с Белой гвардией перешло Амур и влилось в полумиллионную русскую эмиграцию в Китае.

В советские годы все храмы и часовни (каменных церквей построено не было) были полностью уничтожены.

Возрождение православных приходов автономии началось в г. Биробиджане. Первый приход в ЕАО был зарегистрирован в марте 1992 г. Он расположился в деревянном здании бывшего народного суда и освящен в честь св. ап. Иакова, брата Господня и первого епископа Иерусалимского. В конце 1994 г. в помещении бывшего детского сада появился еще один приход — во имя св. вмч. Пантелеимона. Первый, построенный по православным канонам деревянный храм свт. Николая Чудотворца появился в областном центре в 1999 г. В конце 2001 г. в г. Биробиджане в сквере Победы в память о воинах, павших за Отечество, была возведена часовня во имя Державной иконы Божией Матери. Территория ЕАО имела статус Биробиджанского благочиния Хабаровской епархии.

Самостоятельная Биробиджанская епархия Русской Православной Церкви образована постановлением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви от 7 октября 2002 г. Правящим архиереем с титулом епископа Биробиджанского и Кульдурского был назначен епископ Угличский Иосиф (Балабанов), викарий Ярославской епархии.

Первый за всю историю региона каменный храм — кафедральный собор Благовещения Пресвятой Богородицы г. Биробиджана — был заложен в апреле 2003 г. и освящен великим чином митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием в сослужении архиепископа Хабаровского и Приамурского Марка и епископа Биробиджанского и Кульдурского Иосифа 21 сентября 2005 г.

В 2006 г. рядом с кафедральным собором завершилось строительство социально-просветительского центра Биробиджанской епархии. Здание было освящено епископом Биробиджанским и Кульдурским Иосифом 21 сентября. Здесь расположились епархиальное управление и резиденция правящего архиерея, благотворительная столовая, епархиальная библиотека, конференц-зал, магазин и склад церковной утвари, различные подсобные помещения.

17 октября 2007 г. был освящен новый храм во имя прор. Илии в с. Амурзет, 14 сентября 2009 г. — храм Архангела Михаила в с. Ленинское, построено два храма в исправительных колониях — в пос. Бира и пос. Будукан.

Постановлением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви от 21 августа 2007 г. был открыт первый за всю историю освоения этой земли монастырь — женская обитель во имя свт. Иннокентия Московского в с. Раздольное Биробиджанского района (журнал № 69). 5 октября 2008 г. в монастыре был освящен деревянный храм.

В епархии появились свои святыни, создаются новые приходы, строятся храмы, возрождается церковная жизнь во всех традиционных для нее аспектах. Биробиджанская епархия ведет широкую миссионерскую, просветительскую, социально-благотворительную деятельность.