Свято-Никольский собор города Алма-Аты создан по проекту архитектора С.К. Тропаревского и освящен 14 декабря 1908 года.

Первым настоятелем храма был назначен протоиерей Александр Скальский. В декабре 1932 года отец Александр был арестован и скончался в заключении 20 января 1933 года. Прославлен Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 2000 года.

С 1936 по 1945 гг., как и все другие храмы города, Свято-Никольский собор был закрыт.

5 июля 1945 года постановлением Священного Синода была образована упраздненная в 1936 году Алма-Атинская и Казахстанская епархия, ее управляющим назначен освободившийся из ссылки архиепископ Николай (Могилевский).

В 1946 году храм был передан общине верующих. Вскоре в цокольном этаже церкви под приделом святой великомученицы Варвары был устроен небольшой храм в честь Успения Божией Матери.

Весной 1995 года при активном содействии группы «Милосердие» на территории собора завершено сооружение поклонного креста в память о жертвах послереволюционных репрессий духовенства и мирян.

Настоятель прихода — протоиерей Валерий Захаров.