Первая деревянная церковь в Сестрорецке была построена в 1722 — 1723 годах и впоследствии разобрана. В 1781 году был выстроен каменный храм, но он был уничтожен пожаром 1868 года.

29 июня 1871 года на правом берегу реки Сестры, напротив Сестрорецкого завода, была заложена каменная церковь святых апостолов Петра и Павла. Постройка собора осуществлялась по плану, высочайше утвержденному 6 мая 1870 года. Строительство производилось под надзором епархиального архитектора Г.И. Карпова подрядчиком Козловым (имя архитектора проекта не известно). При строительстве храма использовались кирпичи, оставшиеся после разбора Дубковского дворца Петра I. Каменный собор с приделом во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» был построен в византийском стиле.

26 июня 1874 года собор Петра и Павла был освящен митрополитом Исидором. Из домовой церкви Дубковского дворца был перенесен иконостас, церковная утварь и икона Николая Чудотворца. Длина собора была равна 37 метрам, ширина в средней части 20 метров, высота купола — 31,5 метра, высота колокольни — 38,5 метров. Звонница храма состояла из 8 колоколов, самый большой весил 6 тонн.
Храм, располагавшийся на нынешней площади Свободы, был закрыт в 1931 году и разобран в 1932-1933 годах. В 1939 году на его месте была построена школа.

В 1998 году митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир подписал прошение на восстановление храма в Сестрорецке. В 2000 году началось строительство часовни в честь св. Николая Чудотворца в память об экипаже атомной подводной лодки «Курск». 12 июля 2002 г. состоялась торжественная закладка камня у основания будущего храма. Вместе с часовней храм составляет единый архитектурный ансамбль.

Храм святых Петра и Павла находится на Петровской набережной, в непосредственной близости к месту испытания первой подводной лодки Российского флота, так называемой «бочки Никонова», — Сестрорецкому разливу. Храм посвящен подводному флоту России — на его территории установлены памятные доски с названием затонувших подводных лодок и фамилиями погибших моряков. Внутри церкви будет установлена доска с фамилиями погибших моряков. Во время богослужений будут поминаться погибшие подводники.

Никольская часовня посвящена памяти всех погибших российских моряков-подводников. Внутри деревянной часовни расположены 4 памятные доски с названиями погибших за всю историю российского подводного флота субмарин. Перечень из 115 подлодок завершает АПЛ «Курск». Инициатива возведения часовни принадлежит подводникам Тихоокеанского флота. Проект часовни разработан архитектором Ильей Надеждиным. Закладка часовни состоялась 17 сентября 2000 года. Строилась деревянная часовня на пожертвования частных лиц и различных организаций. К месту постройки часовни привезена земля со всех мест базирования подводных лодок в России и их строительства. Там лежит земля из Оленьей губы, Лиинахамари, Гремихи, Видяево, Сормова, Комсомольска-на-Амуре, Санкт-Петербурга, Северодвинска, Магадана, Рыбачьего (Камчатка), Гаджиева, Кронштадта, Севастополя и из Сан-Диего — места захоронения части экипажа лодки К-129, погибшей в 1968 году в Тихом океане и поднятой американцами. Освящение небольшой деревянной часовни было совершено 16 сентября 2001 года — в день 287-летия города Сестрорецка. Богослужения в часовне проводятся в дни, связанные с памятными датами Российского флота.

Часовня Николая Чудотворца возведена на набережной озера Сестрорецкий Разлив не случайно. Именно здесь в 1721 году крестьянин Ефим Никонов продемонстрировал императору Петру I «потаенное судно» — прообраз подводной лодки. Петру понравилась идея «ходить под водой и подбивать военный корабль по самоё дно». Со смертью Петра I работа над «потаенным судном» прекратилась. В 1727 году неудача с повторным испытанием «потаенного судна» на Неве поставила окончательную точку в подводном судостроении России в ХVIII веке. Проект закрыли, автора сослали в Астрахань и разжаловали, корабль безвестно сгнил где-то на задворках Галерного двора. Только через 50 лет в 1777 году американцы построили и применили в боевой обстановке подводную лодку с шестовой миной.

Сейчас разрабатывается проект окружить Никольскую часовню сквером «Морской славы», который станет музеем под открытым небом, единым памятником России, как могучей морской державы. Центр сквера займет небольшой квадратный холм, обрамленный камнем, по углам которого будут установлены якоря. Несколько ступеней на вершину холма, символизирующего братскую могилу, выводят к площадке, где установлена деревянная часовня. Даже дорожки сквера будут выполнены так, что если смотреть на них сверху, они указывают все основные румбы морского компаса. Вдоль уреза воды будут произведены берегоукрепительные работы и установлены три корабельные пушки прошлого века.