Распространение христианства на территории Азербайджана связано с именем апостола Варфоломея, одного из 12-ти учеников Господа Иисуса Христа. Как повествует жизнеописание апостола Варфоломея, после трудов в стране Индийской, он отправился в Кавказскую Албанию проповедовать веру Христову, где и пострадал за Христа в 71 году по Рождестве Христовом в городе Альбанополе на западном берегу Каспийского моря — нынешнем Баку.

Сохранилось место у подножья Девичьей Башни, где согласно преданию претерпел мученическую кончину (казнь через распятие вниз головой) св. ап. Варфоломей. До 1936 года место это было отмечено часовней и памятной доской. В I тысячелетии христианство широко распространилось в Кавказской Албании и здесь была организована самостоятельная Албанская Церковь (см. статью Албания Кавказская в 1 томе «Православной Энциклопедии»).

После утверждения на этой территории ислама, Албанская Церковь пришла в упадок, но продолжала существовать еще до начала XIX столетия. В XIX столетии с появлением русского населения в Азербайджане стала осуществлять свою деятельность Русская Православная Церковь. В Гяндже, Шемахе, Баку были построены русские православные храмы. В связи с ростом промышленности и большим притоком русского населения, для упорядочения религиозной жизни в 1905 году была организована Бакинская архиерейская кафедра (епархия). В дальнейшем епископы получили титул «Бакинский и Прикаспийский» (всего 11 архипастырей). В состав епархии входили приходы по западному побережью Каспийского моря.

В советское время церковно-административная деятельность в Прикаспийской епархии затруднялась как включением Азербайджана в обновленческий Закавказский митрополитанский округ (с 1923), так и преследованиями православного духовенства (среди репрессированных — свящ. Андрей Ерёмин (+ 1929), свящ. Евфимий Савельев (+ 1932), новомуч. свящ. Иоанн Ганчев (+ 1937) и др.).

После восстановления церковной жизни в период Великой отечественной войны в Баку был вновь открыт православный храм (в 1944-м) — нынешний собор в честь Рождества Богородицы по ул. Ш.Азизбекова, 205, а затем еще ряд приходов на территории Азербайджана, которые вошли в состав Ставропольско-Бакинской епархии Русской Православной Церкви.

После распада СССР возникла необходимость упорядочения религиозной жизни в республике. В связи с этим 28 декабря 1998 года решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви была восстановлена Бакинско-Прикаспийская епархия, являющаяся 128 епархией Русской Православной Церкви. Епископом Бакинским и Прикаспийским определено было стать благочинному православных приходов Азербайджана архимандриту Александру.

В состав возрожденной епархии вошли православные приходы на территориях Азербайджанской Республики, Республики Дагестан и Чеченской Республики. В мае месяце 2001 года с первосвятительским визитом Бакинскую епархию посетил Предстоятель Русской Православной Церкви — Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий