Скит расположен на берегу Большой Никоновской бухты, главной гавани Валаама, в том месте, где, согласно Валаамскому пpеданию, св. ап. Андpей Пеpвозванный воздвиг каменный крест (или апостольский жезл). Впоследствии здесь стояла часовня во имя Святого Андрея, возобновленная в 1846 г. В конце XVIII В начале XIX в. в пещере, где жили змеи, подвизался иеромонах Никон (1745(6)-1822), по имени которого получили название Большая и Малая Никоновская бухты.

В 1896 году благотворитель и паломник И. М. Сибиряков предложил игумену Гавриилу устроить на этом месте, где жили монастырские рыбаки, скит и пожертвовал 10 тысяч рублей. Он собирался остаться здесь, но отправился на Св. Гоpу Афон, где принял Великую схиму и вскоре умеp. План двухэтажного храма составил много работавший на Валааме финляндский епархиальный архитектор В.И. Баранкеев (1850 — 1902). В 1901 г. началась расчистка места для будущего храма: с помощью взрывов в диабазовой скале углубили место, заложили фундамент и летом 1902 года начали класть стены. Всего за год храм вчерне был готов. В 1905 году выполнили внутреннюю отделку. 30 июля 1906 г. главный Воскресенский престол освятил архиепископ Финляндский и Выборгский (впоследствии Патриарх Московский и Всея Руси) Сергий (Страгородский).

В архитектуре храма, построенного на цоколе серого гранита из валаамского кирпича, с трехмаршевой лестницей и гранитными колоннами, сочетаются черты классицизма, барокко и русский стиль. Нижний храм во имя Св. Апостола Андрея был освящен игуменом Пафнутием и устроен по подобию пещеры храма Гроба Господня в Иерусалиме — Кувуклии. Мимо располагавшегося справа небольшого мраморного иконостаса и слева — камня помазания, обозначавшего камень, на котором Праведный Иосиф и Никодим помазывали Пречистое Тело Спасителя, проход ведет в Притвор Ангела, где находился камень, будто отнятый Ангелом от Гроба Спасителя с частицей подлинного. Низкий и узкий проем соединяет его с пещерой Св. Гроба, где пребывало мраморное подобие Гроба Господня с подлинной частицей камня из Иерусалима.

Убранство полного светом верхнего храма, в котором служба велась летом, напоминало о Светлом Хpистовом Воскресении. Все иконы были написаны Валаамскими монахами.

Лишь образ Божьей Матери Иерусалимской был передан из Москвы в благодарность за устройство там Валаамского подворья. В этом храме круглый год звучали пасхальные песнопения. Эта традиция соблюдая и сейчас, только в летнее время, когда на остров приезжает Хор Санкт-Петербургского подворья.

Первые шесть насельников скита поселились в доме под горой. Когда число их к началу 1910 г. возросло до 50 человек, были построены три корпуca: одноэтажные — келейный и хозяйственный к востоку, и двухэтажный с трапезной и кельями к северу от церкви (проект зодчего Н.Н.Никонова). В 1931 г. была открыта школа-приют для мальчиков с обучением церковному чтению, пению и иконописи по курсу народной школы.

После окончания наружной реставрации золоченый купол Воскресенского храма, как и прежде, служил ориентиром для прибывающих на Валаам судов. Никоновская бухта — одна из лучших пристаней на Ладоге — ныне главная гавань Валаама. Здесь живут и встречают паломников экскурсоводы монастыря.